Η Παναγία Τρύπα ή Παναγία Σέργενα είναι ένα εκκλησάκι λαξευμένο σε ψηλό ηφαιστειογενή βράχο λίγο έξω από τον οικισμό του Βόθωνα. Τη χρησιμοποιούσαν οι κάτοικοι ως καταφύγιο την εποχή της Τουρκοκρατίας. Θα πρέπει να οφείλει την ονομασία Παναγία Τρύπα σ' ένα μικρό και δυσδιάκριτο παράθυρο που έχουν φτιάξει: Εξωτερικά μοιάζει με τρύπα διαμέτρου 1 μ., από την οποία με ελικοειδές μονοπάτι σκαμμένο μέσα στην άσπα φτάνει μέχρι το εσωτερικό. Γιορτάζει με μεγάλο πανηγύρι στις 2 Φεβρουαρίου.

Αξιοθέατο της Επισκοπής Γωνιάς, αλλά και όλου του νησιού, είναι η εκκλησία της Παναγίας Επισκοπής, ή Κυρά-Πισκοπής, ή Παναγίας της Γωνιάς, που είναι αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Θεωρείται το πιο σημαντικό βυζαντινό μνημείο της Σαντορίνης. Ιδρύθηκε πιθανόν από τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιο Α' Κομνηνό (1081-1118) και θα πρέπει να ήταν καθολικό μονής. Η ίδρυσή της απ'ο τον Αυτοκράτορα δεν συνάγεται μόνο από την παράδοση, αλλά και από επιγραφή που βρισκόταν άλλοτε πάνω από τη νότια θύρα του νάρθηκα. Σύμφωνα με έγγραφο της Επαρχίας της Σαντορίνης, ιδρύθηκε το 1115.

Ένα από τα Καστέλια της Σαντορίνης, αυτό του Νημποριού παραμένει όμορφο και καλοδιατηρημένο στις μέρες μας. Πρόκειται για οχυρωματικό οικισμό, όπου οι εξωτερικοί τοίχοι των σπιτιών αποτελούν συνάμα το τείχος του κάστρου. Η αρχιτεκτονική στο εσωτερικό του κάστρου είναι πραγματικά γοητευτική. Ένας μικρός λαβύρινθος με σοκάκια, όπου χωράει μονάχα ένας άνθρωπος και στο πλάι σκαλιά που αναρριχώνται, σχεδόν κάθετα, σε μικρά πλατύσκαλα.

Η Αρχαία Θήρα είναι από τα ελάχιστα δείγματα αρχαίων πόλεων που σώζονται σε τέτοια έκταση. Η αρχαία πόλη εκτείνεται σε μια μακρόστενη περιοχή, στη κορυφή του ασβεστολιθικού Μέσα Βουνού σε υψόμετρο 396μ, στο νοτιοανατολικό τμήμα του νησιού. Κατοικήθηκε για περισσότερο από 1000 χρόνια και για πολλά από αυτά αποτελούσε το μοναδικό αστικό οικισμό της Σαντορίνης.  Ιδρύθηκε τον 9ο αιώνα π.Χ. από Δωριείς αποίκους, με αρχηγό τον Θήρα και κατοικήθηκε μέχρι τους πρώιμους βυζαντινούς χρόνους. 

Η συλλογή Ορυκτών και Απολιθωμάτων, δημιουργήθηκε στην Περίσσα το 2006, από τον Πολιτιστικό Σύλλογο Θήρας. Βρίσκεται κοντά στον ναό του Τιμίου Σταυρού. Στις προθήκες εκτίθενται ορυκτά και απολιθώματα από τη Θήρα, την υπόλοιπη Ελλάδα και το εξωτερικό. Το αρχαιότερο από τα εκθέματα χρονολογείται 1,5 δισεκατομμύρια χρόνια πριν. Το νεότερο 50.000 χρόνια. Μεταξύ άλλων θα δείτε μια πλούσια συλλογή ορυκτών μεγάλης αξίας από το Λαύριο.

Τα ίχνη της ναυτικής ιστορίας του νησιού ανέλαβε να διασώσει το 1951 ο καπετάνιος Αντώνης Δακορώνιας και το 1956 ιδρύθηκε το Ναυτικό μουσείο, στην Οία. Από το 1990 στεγάζεται σε ένα ωραίο καπετανόσπιτο του 19ου αιώνα, δωρεά της Οιάτισσας Ντίνας Μανωλέσσου-Μπιρμπίλη.

Η έκθεση αρχαίων, βυζαντινών και μεταβυζαντινών μουσικών οργάνων στεγάζεται στο παλιό κτίριο του Κοινοτικού καταστήματος Οίας και εγκαινιάστηκε τον Οκτώβριο του 2010. Περιλαμβάνει δημιουργήματα από τη συλλογή του Χριστόδουλου Χάλαρη, συνθέτη και μουσικολόγου.

Το αρχοντικό κτίστηκε στη Μεσαριά, το 1888. Ανήκε στον ντόπιο κτηματία και έμπορο κρασιών Γεώργιο Εμμ. Αργυρό και αποτελεί ένα από τα πιο αξιόλογα νεότερα μνημεία στη Σαντορίνη. Μορφολογικά συνδυάζει την τοπική αρχιτεκτονική με εκλεκτικιστικά στοιχεία. Εξαιρετικής τέχνης είναι οι οροφογραφίες. Σώζονται όλα τα έπιπλα και τα σκεύη στον πρώτο όροφο.

Το Λαογραφικό μουσείο Εμμανουήλ Λιγνού απέχει μόλις 1 χλμ. από το κέντρο των Φηρών και βρίσκεται στο Κοντοχώρι. Δημιουργήθηκε από τον Εμμανουήλ Αντ. Λιγνό, νομικό, δημοσιογράφο και διευθυντή της εφημερίδας «Θηραϊκά Νέα». Το κτίριο όπου στεγάζεται το μουσείο είναι του 1861. Στα δωμάτια αποτυπώνεται η εικόνα του παραδοσιακού σπιτιού. Εχουν διαμορφωθεί επίσης:

Στις αίθουσές του το Αρχαιολογικό Μουσείο Θήρας που βρίσκεται στα Φηρά, φιλοξενεί συλλογές γλυπτών και επιγραφών από την Αρχαϊκή μέχρι τη Ρωμαϊκή περίοδο, κεραμικά αγγεία και πήλινα ειδώλια από τη Γεωμετρική μέχρι την Ελληνιστική περίοδο. Τα σπουδαιότερα εκθέματα είναι ο θηραϊκός αμφορέας με γεωμετρική διακόσμηση, που χρονολογείται από τις αρχές του 7ου αιώνα π.Χ., η μεγάλη ηφαιστειακή πέτρα (τραχείτης) βάρους 480 κιλών, καθώς και πολλά ευρήματα από τις ανασκαφές στο νεκροταφείο της αρχαίας Θήρας, όπως αμφορείς, κεραμικά αντικείμενα, αγάλματα κούρων.