Το Μουσείο άνοιξε τον Σεπτέμβρη του 2008 και στεγάζεται πάνω από το λιμάνι του Αδάμαντα, στο κτίριο της παλιάς Κοινότητας του νησιού. Δημιουργήθηκε από τις προσπάθειες του γιατρού Πέτρου Αρμένη να συγκεντρώσει πλήθος εκθεμάτων σχετικών με τη ναυτική δραστηριότητα στη Μήλο. Τα εκθέματα ξεκινούν από την προϊστορική εποχή, με εργαλεία από οψιδιανό, προχωρούν στην ναυμαχία της Σαλαμίνας και καταλήγουν στα νεότερα χρόνια. Στο Ναυτικό Μουσείο έχετε την ευκαιρία να δείτε επίσης σπάνιους χάρτες, από τα χέρια ειδικών χαρτογράφων, και τη φημισμένη ξυλόβαρκα «Ειρήνη».

Το Μεταλλευτικό Μουσείο Μήλου, αστική μη κερδοσκοπική εταιρία, δημιουργήθηκε από την S&B Bιομηχανικά Ορυκτά Α.Ε. το 1998 με στόχο να  τιμήσει και να προβάλει τη μεταλλευτική ιστορία καθώς και τη γεωλογική και φυσική κληρονομιά της Μήλου.

Πίσω από την εκκλησία της Παναγίας της Κορφιάτισσας στην Πλάκα, θα βρείτε το Λαογραφικού & Ιστορικό Μουσείου Μήλου.
Το μουσείο ιδρύθηκε το 1967 από την «Ένωση των εν Aθήναις Mηλίων» και σε αυτό έχετε την ευκαιρία να μάθετε για τη ζωή των Μηλίων μετά τον 17ο αιώνα (κυρίως από το 1850 μέχρι το 1930, που ήταν μία περίοδος ακμής για την Μηλιακή κοινωνία).

Πολύ κοντά στο λιμάνι του Αδάμαντα, βρίσκεται η εκκλησία της Αγία Τριάδας, η οποία φιλοξενεί και το Εκκλησιαστικό Μουσείο. Η εκκλησία αυτή, που μετρά χίλια χρόνια ζωής, χαρακτηρίζεται ως «σταυρεπίστεγη τρίκλιτη βασιλική μετά τρουλλοκαμάρας», μιας και αποτελείται από τρία κλίτη πάνω στα οποία υψώνεται κάθετα ο τρούλος στο ίδιο σχήμα με τον ναό. Αυτό το είδος εκκλησίας συναντάται πολύ σπάνια (υπάρχει μόνο άλλη μία  εκκλησία, στην Πελοπόννησο, στο Λεβίδι Αρκαδίας) και είναι ένα πολύ ενδιαφέρον αρχιτεκτονικό μνημείο.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Μήλου βρίσκεται στην Πλάκα και στεγάζεται σ' ένα όμορφο νεοκλασικό κτίσμα του Ernst Ziller.

Στο μουσείο μπορείτε να θαυμάσετε τις εξής συλλογές: