Πάνω από τον κόλπα της Αιγιάλης βρίσκονται τα Θολάρια, ένα από τα ωραιότερα χωριά του νησιού, που διατηρεί την παραδοσιακή του αρχιτεκτονική. Εχει πολλές παλιές γειτονιές: Την Ατσιδοφωλιά, το Σελάδι, τον Μύλο ή Πλάκα, την Πάνω Γειτονιά, τα Βορεινά, το Σκαλί. Τα βράδια του καλοκαιριού το κεντρικό στενό, που εφάπτεται με το προαύλιο της εντυπωσιακής εκκλησίας των Αγίων Αναργύρων ζωντανεύει, με αρκετούς παραθεριστές να απολαμβάνουν ρακόμελα και μεζέδες σε κάποιο από τα παραδοσιακά καφενεία.

Η εκκλησία του Αϊ Γιώργη του Βαρσαμίτη έχει πολύ ενδιαφέρουσα αρχιτεκτονική. Μέχρι τους βυζαντινούς χρόνους αποτελούσε αυτόνομη μονή και στη συνέχεια έγινε μετόχι της Χοζοβιώτισσας. Αγιογραφήθηκε σε διάφορες περιόδους -μάλιστα σήμερα διατηρούνται τοιχογραφίες του 18ου αιώνα ίσως και παλαιότερες. Αν ρωτήσετε τους Αμοργιανούς θα σας πουν πόσο σημαντικό ρόλο έπαιζαν στα παλιά χρόνια οι "χρησμοί" που έπαιρναν όχι μόνο οι ίδιοι αλλά και οι κάτοικοι των γύρω νησιών από το νερό της πηγής που κυλά στο εσωτερικό του ναού.

Το πιο διάσημο αξιοθέατο της Αμοργού βρίσκεται στην Νότια, απόκρημνη, αλίμενη ακτή του νησιού, φωλιασμένο μέσα σε αγκαθωτούς, απειλητικούς βράχους, είναι ορατό μόνον από το πέλαγος, που απλώνεται απέραντο κάτω από τα βράχια, 300μ. υψηλά. Η κάτασπρη, απέριττη όψη του εναρμονίζεται θαυμαστά με τα πολύχρωμα ανώμαλα βράχια. Μόνον από κοντά διαγράφονται οι λευκοί γεωμετρικοί όγκοι και τα αυστηρά γραμμικά περιγράμματα του κτιρίου που, με την συνεργεία του φωτός, δημιουργούν την αίσθηση πολυεπίπεδης επιφάνειας.

Η Κυρά Λεούσα του κάστρου της Χώρας θεωρείται πως κτίστηκε στους βυζαντινούς χρόνους.  Ηταν η πρώτη μητρόπολη και ίσως φιλοξένησε την εικόνα της Παναγίας. Στο τέμπλο έχει ενδιαφέρουσες εικόνες της κρητικής σχολής από τις οποίες ξεχωρίζει η Παναγία Γλυκοφιλούσα. Αλλος ενδιαφέρον ναός είναι ο Αγιος Κωνσταντίνος, που έμεινε πολλά χρόνια πλημμυρισμένος με νερό γι’ αυτό και οι τοιχογραφίες του έχουν καταστραφεί. Κάτω από το κάστρο είναι και ο Αϊ Γιάννης ο Θεολόγος, παλιό μετόχι της μονής Πάτμου.

Αρχαία ακρόπολη που παρέμεινε ενεργή μέχρι την περίοδο της ενετοκρατίας, η ακρόπολη της Αρκεσίνης βρίσκεται σε χαρακτηριστικό βραχώδη λόφο, πάνω από τη θάλασσα, βόρεια από το χωριό Βρούτσης ή Βρουτσί της «Κάτω Μεριάς» της Αμοργού, δηλαδή στο νοτιοδυτικό σκέλος του νησιού. Στο βράχο της ακρόπολης έχουν εντοπιστεί ίχνη μεσοκυκλαδικής εγκατάστασης καθώς και ευρήματα ιστορικών χρόνων όπως επιγραφές, γλυπτά, κεραμικά κ.λ.π., τα οποία καλύπτουν μια μεγάλη περίοδο από τη γεωμετρική μέχρι την ρωμαϊκή εποχή. Στην αρχαία Αρκεσίνη βρέθηκε και ο λεγόμενος «θησαυρός της Αρκεσίνης» με βυζαντινά

Μία από τις τρεις αρχαίες πόλεις της Αμοργού βρίσκεται επάνω από το λιμάνι των Καταπόλων, στην νότια πλαγιά του βουνώδους λόφου. Τα ερείπια της αρχαίας πόλης, όπως και των άλλων πόλεων της Αμοργού, αναγνώρισε το 1837 ο Λ. Ρωs (L. Ros), ο οποίος, όχι μόνον περιέγραψε αναλυτικά όλα τα, τότε καλύτερα, σωζόμενα οικοδομήματα, αλλά ταύτισε και μερικά από τα αναφερόμενα στις επιγραφές, όπως το θέατρο.

Βρίσκεται στο Σκευοφυλάκιο πλάι στην είσοδο της μονής της Χοζοβιώτισσας, σε υποβλητικές θολωτές αίθουσες και εγκαινιάστηκε το 2007. Περιλαμβάνει δείγματα της βυζαντινής και μεταβυζαντινής εκκλησιαστικής τέχνης: φορητές εικόνες, λειτουργικά και ιερατικά άμφια, ξυλόγλυπτοι σταυροί, ευαγγέλια, δισκοπότηρα, δισκάρια, κοχλιάρια, καθώς και πλήθος άλλων χρηστικών αντικειμένων και αφιερωμάτων. Ξεχωρίζει σε ειδικό χώρο, το Ευαγγελιστάριο του 11ου αιώνα με 6 μικρογραφίες. Ονομαστή είναι η συλλογή χειρογράφων του μοναστηριού, που αριθμεί περί τους εκατό κώδικες από τον 10ο έως τον 18ο αιώνα. 

Στον Πύργο του Γαβρά, ιστορικό μνημείο της Ενετοκρατίας, πιθανώς του 16ου αιώνα, εκτίθεται η αρχαιολογική συλλογή της Αμοργού. Τα εκθέματα είναι κυρίως γλυπτά, αγάλματα, ανάγλυφα, έργα κεραμικής και μικροτεχνίας από τις τρεις αρχαίες πόλεις της Αμοργού, Αιγιάλη, Αρκεσίνη και Μινώα.

Ωράριο επισκέψεων

• Χειμερινό (1 Νοεμβρίου - 31 Μαρτίου): Παρασκευή - Κυριακή, 08:00-15:00
• Θερινό (1 Απριλίου - 31 Οκτωβρίου): Τρίτη - Κυριακή, 08:00-15:00

Είσοδος ελεύθερη.